Ulu öndər Heydər Əliyevin 1998-ci il 13 mart tarixli Sərəncamı ilə Naxçıvanda Cəmşid Naxçıvanski adına Hərbi Liseyin filialı yaradılıb. 1999-cu ilin oktyabrında filialın yeni tədris korpusunun açılışında iştirak edən ümummilli liderimiz bu hərbi təhsil müəssisəsinin yaradılması zərurətindən danışaraq deyib: “Tarixən naxçıvanlı gənclər zabit peşəsinə yiyələnməyə meylli olublar. Tarixi vərəqləyin, görün Naxçıvandan vaxtilə nə qədər böyük sərkərdələr çıxıbdır. Elə XIX-XX əsrlərin tarixini götürək. Naxçıvan xanları – Kəngərlilər sülaləsindən çar Rusiyasının ordusunda altı general var idi. Onlardan sonuncusu Cəmşid xan Naxçıvanski idi. Əgər sonrakı dövrü, sovet hakimiyyəti dövrünü götürsək, Naxçıvandan yüksək rütbəli, çox dəyərli zabitlər çıxıbdır. …Ona görə də burada olan gəncləri hərbi peşəyə cəlb etmək üçün hərbi liseyin filialının yaradılması çox zəruri idi”.
Ötən dövr ərzində böyük inkişaf yolu keçmiş hərbi lisey Naxçıvanda gənclərin hərb sənətinə marağının artmasına səbəb olub. “Heydər Əliyev adına Hərbi Liseydə oxumaq böyük şərəfdir və böyük məsuliyyətdir. Bu liseydə təhsil alan gənclər Azərbaycanın müstəqilliyinin keşiyində duracaqlar”, – deyən Azərbaycan Respublikasının Prezidenti, Silahlı Qüvvələrin Ali Baş Komandanı cənab İlham Əliyevin 2004-cü il 27 fevral tarixli sərəncamı ilə Cəmşid Naxçıvanski adına Hərbi Liseyin Naxçıvan filialının əsasında Heydər Əliyev adına Hərbi Lisey yaradıldı.
Bu gün Heydər Əliyev adına Hərbi Lisey öz ətrafında yüzlərlə vətənpərvər gənci birləşdirən mötəbər hərbi təhsil müəssisəsinə çevrilib. Liseyi bitirənlər Müdafiə Nazirliyinin birləşmələrində, Hərbi Dəniz və Hərbi Hava Qüvvələrində, Milli Qvardiya və Dövlət Sərhəd Xidmətində, Səfərbərlik və Hərbi Xidmətə Çağırış üzrə Dövlət Xidmətində müxtəlif vəzifələrdə şərəf və ləyaqətlə qulluq edirlər.
2020-ci ilin 27 sentyabrında başlanan Vətən müharibəsində Naxçıvandan yollanan hərbi qulluqçular, xüsusən də Heydər Əliyev adına Hərbi Liseyin kursantları Şuşaya qədər şərəfli döyüş yolu keçib, adını tarixin şanlı səhifələrinə yazdırıblar. Hərb sənətinin dərinliklərinə yiyələnən qəhrəman Vətən oğullarından həmin döyüş əməliyyatlarında şəhid olanlar da az olmadı, sağlamlığını itirib qazi adını qazananlar da. Təsadüfi deyil ki, şanlı qələbəmizdən sonra keçirilən hərbi paradda ilk dəfə olaraq Heydər Əliyev adına Hərbi Liseyin kursantları da iştirak etdilər.
25 yaşlı hərbi təhsil ocağının igid oğulları – Orxan Quliyev, Tural Haşımlı, Qabil Orucəliyev, Allahyar Telmanlı, Vüsal Vəliyev, Həsən Quliyev, Fuad İsmayılov, Həmid Qasımov, Yaqub Nəcəfov, İsmayıl Vəliyev və adlarını sadalamadığımız onlarla şəhidlik mərtəbəsini fəth edən igidlərimiz bu liseyin məzunu olublar. Bu igidlər sırasında yalnız Vətən müharibəsində deyil, müxtəlif illərdə erməni təxribatlarının qarşısını alarkən şəhid olanlar da var. Onların seçdikləri yol, qəhrəmanlıqları, şücaətləri bu gün təhsil alan kursantlar üçün örnəkdir.
